Le projet de fédération, vivement encouragé par les rectorats, et rendu indispensable par la diminution des ressources budgétaires, prévoit le partage des trois premières années d’études - le bachelor selon l’harmonisation européenne dite de Bologne - sur les deux sites lémaniques ; puis une spécialisation de deux ans - le master - répartie entre les trois académies : l’herméneutique et la théologie pratique à Neuchâtel ; l’éthique, l’histoire et la systématique à Genève, et les sciences bibliques et des religions à Lausanne